年幼时，直枝理树曾陷入绝望深渊，但之后他遇到了四位少年少女。几年后，理树成为了Little Busters的一员，过着喧闹而快乐的日子。他希望这种时光能一直持续下去。有一天，恭介提出成立一个棒球队，于是理树开始寻找队员。在这个过程中，他认识了许多新的朋友，和大家一起经历了试胆大会、翻窗乱入女生宿舍、扮演人偶等快乐的事情。在解决各自烦恼的过程中，理树和他的朋友们之间的联系越来越紧密。最终，在一场棒球比赛中，理树确认了他和最好的朋友们之间的牵绊。但是这并不是故事的结尾，还有理树和来谷唯湖之间的故事，理树和铃的故事，以及关于“世界的秘密”的真相。从此，Little Busters真正的故事才开始。