年幼时,直枝理树曾陷入绝望深渊,但之后他遇到了四位少年少女。几年后,理树成为了Little Busters的一员,过着喧闹而快乐的日子。他希望这种时光能一直持续下去。有一天,恭介提出成立一个棒球队,于是理树开始寻找队员。在这个过程中,他认识了许多新的朋友,和大家一起经历了试胆大会、翻窗乱入女生宿舍、扮演人偶等快乐的事情。在解决各自烦恼的过程中,理树和他的朋友们之间的联系越来越紧密。最终,在一场棒球比赛中,理树确认了他和最好的朋友们之间的牵绊。但是这并不是故事的结尾,还有理树和来谷唯湖之间的故事,理树和铃的故事,以及关于“世界的秘密”的真相。从此,Little Busters真正的故事才开始。