14年前，初号机的第一形态疑似神化并觉醒，造成了接连不断的三次冲击，引发了前所未有的巨变。在此之后，葛城美里（三石琴乃 配音）等NERV旧部离开，成立了反抗SEELE和NERV的Wille组织。Wille组织派明日香（宫村优子 配音）和真里（坂本真绫 配音）前往卫星轨道夺回被封印的初号机和碇真嗣（绪方惠美 配音），但禁止真嗣驾驶初号机。尽管感受到周围的敌意，懵懂的真嗣还是跟随绫波丽（林原惠美 配音）登上被突然入侵的九号机，回到了布满弹孔的NERV总部。在这里，他意外地重逢了一直想念的绫波丽，并从父亲那里得知自己将和渚薰（石田彰 配音）共同驾驶十三号机。长达14年的空白期间，经历了巨变和情感纠葛，让真嗣感到烦躁不安。然而，看似温柔的渚薰揭开了一系列不可思议的真相...... 本片是EVA新剧场版四部曲的第三部。