战国时代，一个普通家庭的男孩猪名寺乱太郎的祖先曾是忍者。在父亲的劝说下，他离开家乡摄津，去了当时一流的忍者学园学习。在学校里，他认识了同龄的新兵卫和雾丸。新兵卫是来自富商家庭的小胖子，热爱美食；雾丸则是来自贫苦家庭的孤儿，精明而吝啬。这三个性格迥异的小家伙成为了好朋友，他们最大的共同点就是考试经常不及格而受到处罚。当然，校长大川平次涡正及其他老师都是性格古怪、鲜明的爆笑人物。乱太郎和他们一起上演了连番搞笑、有趣的精彩好戏...... 该动画电影改编自漫画家尼子騒兵衛的原作《落第忍者乱太郎》，在改编成动画片时，由于NHK电视台的限制，删除了“落第”这个词。