15岁的小女孩戈薇在家中神社的枯井中穿越回了500年前的战国时代。这个时代充满了战争和妖怪，大地上的生灵都遭受了苦难。戈薇在御神木处遇到了被封印的半妖犬夜叉。在50年前，犬夜叉曾想变成真正的妖怪并结识拥有强大灵力的巫女桔梗。两人渐渐相爱，犬夜叉希望变成人类，桔梗也想过普通人的生活。但是，盗贼鬼蜘蛛却毫不顾及桔梗，将她的灵魂和肉体献给妖怪并转生成邪恶的半妖奈落。在奈落的挑拨下，犬夜叉被桔梗封印在神木之上，桔梗在悲痛中死去。戈薇的灵魂转生了桔梗，她解救了犬夜叉并不小心将四魂之玉射成碎片。为了找回碎片，戈薇、犬夜叉、七宝、弥勒、珊瑚踏上了危险的旅程...