一座平静的小镇叫做龟有，有一天有人目击到UFO和神秘的几何图案出现，使得龟有瞬间成为了观光胜地。与此同时，龟有派出所的成员要求制造者两津留守当地，他决定趁机潜入飞机的货舱前往夏威夷，但却被当地警察通缉。在逃亡过程中，两津被神秘少女米娜所救。为了找到已故的好友龙平的真相，两津决定和米娜一起乘坐小飞机回到日本，却发现东京被奇怪的超级UFO摧毁了，且这个UFO正往他的家乡龟有飞去，他们不得不探究这个巨大的UFO的秘密……