美墨莎莎和雪城乃香是就读于菲诺奈学院女子中学部二年级的学生，其中美墨莎莎因拥有正义感并运动万能，在班上备受欢迎。雪城乃香则成绩优异、常年稳居班级第一，虽有些天真，但同样具备优秀的品质。某日，美波和米波两只神奇的生物逃离了受邪恶攻击的故乡光之园，前来虹之园。美波和米波赐予莎莎和乃香神奇的力量，二人从此化身为光之美少女“Pretty Cure”。虽然两人性格和兴趣截然不同，但携手战胜来自闇之领域的邪恶敌人。