水族箱里生了四条小鱼，其中包括了哈罗德的女儿伊莎贝尔。伊莎贝尔身上有斑点，缺少鳞片，因此被其他鱼嘲笑。鱼群首领瑟斯顿要求哈罗德把伊莎贝尔藏起来，否则被人类发现就会把他们扔进大海。但玩闹的伊莎贝尔还是被人类发现了，她和哈罗德一起被扔进了大海。突然出现的巨浪冲走了水族箱里的鱼，伊莎贝尔和哈罗德也因此失散了。伊莎贝尔遇见了艾普尔，认识了一群被排挤的奇怪鱼，它们都有外在缺陷。在艾普尔的带领下，伊莎贝尔和其他鱼打算通过火山到达珊瑚礁去寻找哈罗德。另一方面，哈罗德在海黄瓜卡尔的陪同下寻找女儿未果，伤心离开。最终，伊莎贝尔和哈罗德在珊瑚礁相遇了，并且发现女王竟然是伊莎贝尔的妈妈。最终，一家人欢聚在一起。